Diseño y desarrollo de nuevos algoritmos de alineamiento por pares y aceleradores de hardware que reducen el tiempo de ejecución y el consumo de memoria.
High Performance Computing Applications for Science and Engineering (HPCA4SE)
Juan Carlos Moure, Santiago Marco, Antonio Espinosa
Este proyecto acelera la alineación de secuencias de ADN al mejorar la eficiencia y reducir el uso de recursos. Utiliza algoritmos optimizados que reducen las necesidades de memoria y aceleran el procesamiento, especialmente para grandes conjuntos de datos genómicos. Incluye implementaciones para CPU, GPU y aceleradores FPGA, todos utilizando un enfoque de programación común, lo que permite la misma.
Genómica humana y agrícola, vigilancia de patógenos, sistemas de medicina de precisión, proyectos de ensamblaje a escala poblacional, metagenómica
Centros de genómica y CROs biotecnológicas que manejan más de 10 TB al día; Proveedores de servicios en la nube que ofrecen instancias de genómica con GPU/FPGA; Empresas de dispositivos médicos que integran la identificación de patógenos en tiempo real; Iniciativas nacionales de secuenciación que construyen sistemas de procesamiento de datos propios.
Technology Readiness Level (1-9): N/A
Protection:
Pendiente
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