Crossmapper

Crossmapper és un pipeline bioinformàtic automatitzat per avaluar la velocitat de lectura de mapes creuats quan dos o més organismes es seqüencian com una mostra. El programari es pot utilitzar per planificar aquest tipus de configuracions experimentals com ARN-seq dual o múltiple (principalment per a estudis d'interacció hoste-patogen, simbiont i cohabitant), estudis de metagenòmica, seqüenciació i anàlisi d'espècies híbrides, estudis d'expressió específics d'al·lels, i es pot ampliar per a l'ús en grans instal·lacions de seqüenciació per a l'optimització de recursos.

Basat en la simulació de lectura in-silico i el mapeig posterior als genomes originals d'organismes seqüenciats, Crossmapper permet als usuaris avaluar la taxa de lectures úniques i multimapades incorrectes a genomes no corresponents i, per tant, ajuda a optimitzar els paràmetres de seqüenciació com la lectura. longitud, paràmetres aparellats/únics extrems, paràmetres de mapeig, etc., abans de realitzar l'experiment de seqüenciació real.

N/A

N/A

N/A

N/A

N/A