Institución:

Proceso bioinformático automatizado que permite evaluar la tasa de mapeo cruzado de lecturas cuando se secuencian dos o más organismos como una sola muestra.
Hrant Hovhannisyan, Toni Gabaldón, Ahmed Hafez, Carlos Llores
Crossmapper es un proceso bioinformático automatizado que permite evaluar la tasa de mapeo cruzado de lecturas cuando se secuencian dos o más organismos como una sola muestra. El software se puede utilizar para planificar este tipo de configuraciones experimentales, como secuenciación de ARN dual o múltiple (principalmente para estudios de interacción huésped-patógeno, simbiótico y cohabitante), estudios metagenómicos, secuenciación y análisis de especies híbridas, estudios de expresión específica de alelos, y se puede ampliar para su uso en grandes instalaciones de secuenciación para la optimización de recursos.
Basado en la simulación de lecturas in silico y el mapeo retrospectivo a los genomas originales de los organismos secuenciados, Crossmapper permite a los usuarios evaluar la tasa de lecturas únicas y multimapeadas incorrectas a genomas no correspondientes y, por lo tanto, ayuda a optimizar los parámetros de secuenciación, como la longitud de lectura, pares/extremos únicos, parámetros de mapeo, etc., antes de realizar el experimento de secuenciación real.
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