GenomeVariator

Herramienta para añadir variantes genómicas a un genoma existente (en formato SAM/BAM/CRAM).

Institución:

Institution

Grupo de investigación:

BSC Group: Life Sciences

Investigador/es:

Rodrigo Martín Posada

Descripción:

GenomeVariator crea genomas sintéticos "tumorizados" mediante la inserción de SNV, inserciones/deleciones y SV complejas en conjuntos de lecturas reales (SAM/BAM/CRAM). Esto permite a los biobancos generar grandes conjuntos de datos de referencia que garantizan la privacidad y someter a pruebas de estrés los flujos de trabajo de detección de variantes a escala de petabytes, que responden a la necesidad de conjuntos de datos que destacan las tendencias de la computación de alto rendimiento (HPC).

GenomeVariator es un generador de genomas sintéticos que cubre una importante carencia de control de calidad para la genómica a exaescala. Gracias a su escalabilidad en clústeres, auditorías de privacidad y cumplimiento normativo, puede convertirse en la plataforma de referencia para proyectos de infraestructura internacionales y desarrolladores de herramientas bioinformáticas.

Propuesta de valor:

Generar una cohorte sintética de 100 000 tumores que cumpla con el RGPD.

Áreas de aplicación:

Pruebas de infraestructura, desarrollo de herramientas de detección de variantes

Mercado objetivo:

Farmacéuticas; Diagnóstico in vitro

Protection:

MIT License

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