Crossmapper

Crossmapper es un proceso bioinformático automatizado que permite evaluar la tasa de mapeo cruzado de lecturas cuando se secuencian dos o más organismos como una sola muestra. El software se puede utilizar para planificar este tipo de configuraciones experimentales, como secuenciación de ARN dual o múltiple (principalmente para estudios de interacción huésped-patógeno, simbiótico y cohabitante), estudios metagenómicos, secuenciación y análisis de especies híbridas, estudios de expresión específica de alelos, y se puede ampliar para su uso en grandes instalaciones de secuenciación para la optimización de recursos.

Basado en la simulación de lecturas in silico y el mapeo retrospectivo a los genomas originales de los organismos secuenciados, Crossmapper permite a los usuarios evaluar la tasa de lecturas únicas y multimapeadas incorrectas a genomas no correspondientes y, por lo tanto, ayuda a optimizar los parámetros de secuenciación, como la longitud de lectura, pares/extremos únicos, parámetros de mapeo, etc., antes de realizar el experimento de secuenciación real.

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