NetCleave

NetCleave és una eina bioinformàtica per ajudar en les prediccions de la divisió de proteïnes per part del proteasoma. Més en detall, és un algorisme de codi obert i reeducable per a la predicció del processament de l'antigen C-terminal tant per a les vies MHC-I com MHC-II. L'arquitectura NetCleave consisteix en una xarxa neuronal entrenada en 46 descriptors fisicoquímics diferents dels aminoàcids que formen el lloc d'escissió. Els nostres resultats demostren que la predicció del processament de l'antigen C-terminal aconsegueix una alta precisió en MHC-I (AUC de 0, 91), mentre que segueix sent un repte per a MHC-II (AUC de 0, 66). A més, vam avaluar el rendiment de NetCleave i un dels estàndards actuals més utilitzats, NetChop3.1, per a l'avaluació de quatre conjunts de dades d'immunogenicitat independents (H2-Db, H2-Kb, HLA-A*02:01 i HLAB: 07). :02). En general, demostrem que NetCleave supera NetChop3.1 per a la predicció del processament Cterminal i proporcionem una de les primeres evidències que les prediccions del processament C-terminal poden ajudar en el descobriment de pèptids immunogènics.

N/A

N/A

N/A

N/A

Llicència (MIT)

N/A