NetCleave

NetCleave es una herramienta bioinformática que ayuda en las predicciones de escisión de proteínas por parte del proteosoma. Más detalladamente, es un algoritmo de código abierto y reentrenable para la predicción del procesamiento del antígeno C-terminal para las vías MHC-I y MHC-II. La arquitectura NetCleave consta de una red neuronal entrenada en 46 descriptores fisicoquímicos diferentes de los aminoácidos que forman el sitio de escisión. Nuestros resultados demuestran que la predicción del procesamiento del antígeno C-terminal logra una alta precisión en el MHC-I (AUC de 0,91), mientras que sigue siendo un desafío para el MHC-II (AUC de 0,66). Además, evaluamos el rendimiento de NetCleave y uno de los estándares actuales más utilizados, NetChop3.1, para la evaluación de cuatro conjuntos de datos de inmunogenicidad independientes (H2-Db, H2-Kb, HLA-A*02:01 y HLAB: 07 :02). En general, demostramos que NetCleave supera a NetChop3.1 en la predicción del procesamiento C-terminal y proporcionamos una de las primeras pruebas de que las predicciones del procesamiento C-terminal pueden ayudar en el descubrimiento de péptidos inmunogénicos.

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Licencia (MIT)

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